关于技术入股，请教财务、法律相关专业人士

例如甲乙双方合作成立一家公司，注册资本100万，甲方现金出资60万，占股60%，乙方以技术作价40万，占股40%。公司法里面规定是：
第二十七条 股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。


我想了解的是，在实操过程中，技术入股不去做评估，而只是股东之间协商作价，各方都认可你的技术值40万，然后共同签订一个协议，后续公司成立之后，财务按照无形资产做账。请教这种方式来操作，一个是财务能不能做账，第二个是税务那边认不认可？还有这个属于瑕疵出资吗？

（搜索了解了一些案例，因为有很多技术没法用专利等知识产权来量化，有些也涉及商业秘密，没办法去评估作价，因此有很多案例都是协议作价，后续有的也产生纠纷，或者在新的投资人进来之前，还要重新用现金补齐）