据台湾《联合报》报道，台湾“高教评鉴中心”最近公布2011世界大学科研论文排名结果，台大仍为两岸三地第一，但从去年的114名退步到120名，大陆北京清华大学123名、北京大学127名，紧追台大之后。
全球排名第一仍由美国哈佛大学蝉联，亚太地区日本东京大学居冠，排16名；华人四地中，新加坡国立大学从84名进步到72名，遥遥领先台大。
台湾今年6校进500大，去年退出榜外的阳明再次进榜，但多数在榜内的大学都退步，台大退步6名，成大、清大退步18名，交大从479名进到411名，一口气进步68名。
大陆大学进入500大增为18校，厦门和兰州大学两校新进榜，除北京清华及北大稍稍退步，多数学校都进步，且幅度很大，例如山东大学从400名进步到338名，进步62名；香港、新加坡不少大学名次也持续进步。
这项科研论文质量评比由高教评鉴中心2007年首度研发推出，针对世界大学产出的科学研究论文(不含人文与艺术领域)进行质量表现评比，质量占80%，包括近11年论文被引次数、平均被引次数等，数量则占20%。
台湾不少大学在这项排名连续几年都退步，包括台大等，负责这项排名的台大图资系教授黄慕萱指出，其实台湾的大学很努力，在科研论文的量和质都持续进步，只是其它大学进步更多。
黄慕萱说，除了大陆大学一次进步30到60名，有的非英语系国家进步幅度也很大，如法国格勒诺博第一大学一口气进步52名，进步到185 名，德国卡斯陆工学院也攀升76名，让今年排名进步到199名。
台大研发长陈基旺说，台大不论论文的量和质都进步，除了研究，教学方面也有大幅进步，没有看到这项排名的内容无法评论，但如果排名一直往下掉，台大会研究。
由于不少大学反弹，台湾教育主管部门明年不再补助评鉴中心做科研论文排名，不过，研发这项排名的黄慕萱指出，停掉很可惜，她会找人支持，继续公布。